Khu vực sinh thái Indomalaya trước đây được gọi là
khu vực sinh thái Đông Dương.Nó trải rộng từ khu vực
Makran ở miền nam
Pakistan qua
tiểu lục địa Ấn Độ và
Đông Nam Á tới các vùng đất thấp ở miền nam
Trung Quốc, và qua
Indonesia tới
Java,
Bali và
Borneo, phía đông của nó nằm trên
đường Wallace, ranh giới sinh thái được đặt theo tên của
Alfred Russel Wallace, là người đã tách Indomalaya ra khỏi
Australasia. Indomalaya còn bao gồm cả
Philipin, vùng đất thấp của
Đài Loan và
quần đảo Lưu Cầu của
Nhật Bản.Phần lớn khu vực sinh thái Indomalaya nguyên thủy được che phủ bởi rừng, chủ yếu là các rừng ẩm ướt lá bản rộng nhiệt đới và cận nhiệt đới, trong đó rừng khô lá bản rộng nhiệt đới và cận nhiệt đới chiếm đa số ở Ấn Độ và một phần của Đông Nam Á. Các rừng ẩm nhiệt đới của Indomalaya chủ yếu là các loài cây thuộc
họ Dầu (Dipterocarpaceae).
Malesia là một tiểu khu vực thực vật nằm trên ranh giới giữa Indomalaya và Australasia. Nó bao gồm cả
bán đảo Mã Lai và các đảo miền tây Indonesia (gọi là
Sundaland), Philipin, các đảo miền đông Indonesia và New Guinea. Trong khi khu vực này có nhiều điểm chung về hệ thực vật với cả khu sinh thái Indomalya thì lại rất khác về hệ động vật; Sundaland chia sẻ hệ động vật với châu Á đại lục, trong khi các đảo phía đông của đường Wallace hoặc là không có các động vật có vú như đất liền hoặc là quê hương của các động vật đất liền có nguồn gốc từ
Australia, bao gồm cả các loài
thú có túi và các loài chim thuộc bộ
chim chạy.Một trong các bộ động vật có vú,
bộ Cánh da (Dermoptera), là đặc hữu của khu vực sinh thái này, cũng như các họ
Đồi (Tupaiidae, thuộc
bộ Nhiều răng (Scandentia)) và
Vượn (Hylobatidae, thuộc
bộ Linh trưởng (Primates)). Các loài
động vật có vú lớn đặc trưng cho Indomalaya bao gồm
báo hoa mai,
hổ,
trâu,
voi châu Á,
tê giác Ấn Độ,
tê giác Java,
heo vòi Mã Lai,
vượn người,
vượn và
vượn Tarsius (cận bộ Tarsiiformes).Indomalaya có ba họ chim đặc hữu, là các
họ Chim xanh (Irenidae),
họ Cu rốc (Megalaimidae) và Rhabdornithidae (
sẻ Philipin). Các loài
gà lôi (họ Phasianidae),
chim đuôi cụt (họ Pittidae),
khướu (họ Timaliidae) và
chim sâu (họ Dicaeidae) cũng là đặc trưng của khu vực sinh thái này.Hệ thực vật của Indomalaya là sự hỗn hợp các thành phần từ các siêu lục địa cổ là
Laurasia và
Gondwana. Các thành phần thuộc Gondwana được đưa tới từ Ấn Độ, khi tiểu lục địa này tách ra khỏi Gondwana khoảng 90 triệu năm trước, mang theo cùng với nó các hệ thực-động vật có nguồn gốc Gondwana về phía bắc, trong đó bao gồm cả cá
rô phi (Cichlidae) và các họ thực vật có hoa như
họ Lôi (Crypteroniaceae) và có thể là cả họ Dầu (Dipterocarpaceae). Tiểu lục địa này va chạm với châu Á khoảng 30-45 triệu năm trước và dẫn tới sự trao đổi các loài. Muộn hơn, khi mảng kiến tạo
Australia-New Guinea trôi dạt về phía bắc, sự va chạm giữa các mảng kiến tạo Australia và châu Á đã làm nổi lên các đảo
Wallacea, cách biệt với nhau chỉ bằng các eo biển hẹp, cho phép có sự trao đổi thực vật giữa Indomalaya và
Australasia. Các loài thực vật rừng mưa châu Á khi đó như các loài dầu, vượt qua Wallacea tới New Guinea, và một số loài trong các họ thực vật của Gondwana, bao gồm
kim giao (họ Podocarpaceae) và
bách tán (chi Araucaria), đã từ Australia-New Guinea chuyển sang phía tây vào miền tây Malesia và Đông Nam Á.