Tàu con thoi sẽ không được phóng trong điều kiện có thể bị sét đánh trúng. Máy bay thường bị sét đánh nhưng không gây ra tác hại nào bởi dòng điện sẽ bị tiêu tán đi bởi lớp vỏ dẫn điện và máy bay không được nối đất. Như phần lớn các loại máy bay, tàu con thoi được chế tạo bằng lớp nhôm dẫn điện, vốn bảo vệ và che đậy cho các hệ thống bên trong. Tuy nhiên, trong quá trình tàu con thoi được phóng đi nó thải ra một luồng khí nóng khi bay lên, và luồng khí này có thể dẫn sét vì cung cấp một đường dẫn cho dòng điện xuống đất. Trong khi tàu con thoi có thể chịu được một cú sét đánh, một cú sét đã xảy ra với tàu Apollo 12 và vì sự an toàn NASA đã chọn không phóng tàu con thoi khi sấm sét có thể xảy ra.

Vào ngày phóng đi, sau khi đã xong việc đếm ngược trước 9 phút, tàu con thoi sẽ trải qua sự chuẩn bị cuối cùng cho phóng, và hệ thống đếm ngược được điều khiển bằng một chương trình máy tính đặc biệt ở Launch Control Center gọi là Ground Launch Sequencer (GLS). Hệ thống này sẽ dừng việc đếm ngược nếu có bất kỳ vấn đề quan trọng nào xảy ra với hệ thống trên tàu. Trước khi phóng 31 giây GLS sẽ để việc đếm ngược cho hệ thống máy tính trên tàu thực hiện.