Ủy ban quốc tế bảo vệ hồ Genève (Commission internationale pour la protection des eaux du Léman: CIPEL) là một ủy ban liên quốc gia của Pháp và Thụy Sĩ, đã hoạt động kể từ năm 1962 nhằm cải thiện chất lượng nước của hồ Genève. Năm 2001, người ta đã bắt đầu một kế hoạch mới với mục tiêu chính là cải thiện chất lượng nước uống trong lưu vực hồ.

Các nghiên cứu cổ môi trường, do trạm thủy văn hồ Genève của Viện nghiên cứu nông học quốc gia Pháp (INRA) thực hiện trên các dấu tích thực vật sót lại, có cơ sở tại Thonon-les-Bains, đã phát hiện ra rằng khu vực lòng chảo Léman đã trải qua các thay đổi sinh học và khí hậu mạnh trong nửa thế kỷ qua. Nhiều loài thực vật đã biến mất do hàm lượng quá cao của phốt pho, thuốc diệt cỏ, thuốc trừ dịch hại và các kim loại nặng - người ta vẫn có thể tìm thấy tạo các đáy hồ trong khu vực Alps các dấu vết của chì kim loại có từ thời La Mã - từ các hoạt động đô thị và nông nghiệp - một mét vuông bờ hồ bị ô nhiễm sẽ gây ô nhiễm cho 12 mét khối nước - đã dẫn tới việc sinh sôi nảy nở quá nhanh của tảo, tiêu hao hết lượng ôxy hòa tan trong nước trong sự cung cấp dinh dưỡng quá tốt.

Mật độ các chất rắn lơ lửng, thực vật phù du bị giảm xuống, do chúng không còn nhận được đủ lượng ánh sáng cần thiết - sự suy giảm của thực vật phù du đã dẫn tới sự biến mất của các loài cá như cá gai (Gasterosteidae), đã biến mất vào năm 1922, nhưng vẫn còn được tìm thấy với mộtlượng nhỏ vào thập niên 1970, và sứa nước ngọt biến mất vào năm 1962. Ngoài ra, sự biến mất của thực vật phù du đã cung cấp nơi sinh sản cho một loài vi khuẩn lam là vi tảo (Planktothrix rubescens), làm cho nước chứa các độc tố có hại cho gan, nguy hiểm trong việc ăn cá và ngay cho cả việc bơi lội.

Quan sát, giám sát các chu trình theo mùa và hàng năm của các hệ thủy sinh thái, nghiên cứu các ảnh hưởng khí hậu và ô nhiễm (thuốc trừ cỏ, thuốc trừ dịch hại, kim loại nặng), mật độ của mao trùng (Ciliophora) nguyên sinh, luân trùng (Rotifera) trong động vật phù du cùng các loài ăn cỏ khác có chức năng lọc nước, kiến thức về các loài mới xuất hiện, hỗ trợ theo thời gian cho việc vạch ra kế hoạch để phục hồi và ngăn ngừa, bước đầu thực hiện sự cải thiện chất lượng nước uống trong lưu vực và vì thế là của hồ Genève.

Sự ít ỏi của việc nhào trộn hoàn toàn nước trong hồ, là điều đòi hỏi phải có mùa đông rất lạnh để nước bề mặt đem ôxy của nó xuống sâu; cùng khí hậu ấm làm thay đổi thời gian trong chu kỳ đẻ trứng của cá sẽ là các nguồn của các thích ứng mới của các hệ sinh thái của hồ.