Trong suốt quá trình điều tra của các nhà nghiên cứu của trường đại học Kumamoto, hợp chất gây ra căn bệnh đã được xác định là kim loại nặng và nhà máy Chisso đã bị cho là nguồn gốc gây ra ô nhiễm. Chisso đã xem xét kĩ lưỡng và đã làm chệch hướng chỉ trích bằng việc thay đổi đường ống thoát chất thải. Chisso ý hiểu về tác hại phá huỷ môi trường của nước thải của mình và cũng ý thức rất rõ rằng tập đoàn là nghi phạm chính của cuộc điều tra của căn bệnh Minamata. Bất chấp tất cả, từ tháng 8 năm 1958, thay vì xả thải vào vịnh Hyakken (tâm điểm của cuộc điều tra và là nguồn gốc gây ra sự ô nhiễm), Chisso cho xả nước thải trực tiếp và sông Minamata. Ảnh hưởng ngay lập tức xảy ra là cái chết của cá ở cửa miệng sông, và từ khi đó, những nạn nhân mới của bệnh Minamata đã bắt đầu xuất hiện ở cả những làng cá khác dọc trên và dưới bờ biển của biển Shiranui, kèm theo khu vực bị ô nhiễm lan rộng ra khu vực rộng lớn khác.

Chisso đã thất bại trong việc hợp tác cùng với đội điều tra của trường đại học Kumamoto. Công ty này đã bưng bít thông tin về các quá trình công nghiệp của họ, buộc các nhà nghiên cứu phải suy đoán các nhà máy sản xuất cái gì và theo phương thức nào. Giám đốc bệnh viện của nhà máy Chisso, Hajime Hosokawwa, đã cho thành lập một phòng thí nghiệm thuộc bộ phận nghiên cứu của nhà máy để tiến hành những thí nghiệm riêng của mình về bệnh Minamata vào tháng 7 năm 1959. Những con mèo khoẻ mạnh đã được cho ăn với thức ăn có cho thêm nước thải của nhà máy. Bảy mươi tám ngày sau thí nghiệm đó, con mèo số 400 đã có những triệu chứng của bệnh Minamata và được xét nghiệm bệnh lý học xác minh lại chẩn đoán về ngộ độc thuỷ ngân hữu cơ. Công ty đã không cho công bố kết quả quan trọng này tới các nhà điều tra và yêu cầu Hosokawa ngừng nghiên cứu của ông lại.

Trong nỗ lực phá hoại lý thuyết về ngộ độc thuỷ ngân hữu cơ của các nhà nghiên cứu trường đại học Kumamoto, Chisso và các bên liên quan có chung lợi ích khi nhà máy còn mở cửa (trong đó có Bộ ngoại thương và công nghiệp và Hiệp hội công nghiệp hoá học Nhật Bản) đã chi thêm tiền cho nghiên cứu các nguyên nhân có thể gây ra căn bệnh khác ngoài chất thải của chính công ty họ.

Khoản bồi thường cho các ngư dân và bệnh nhân, 1959

Nguồn nước bị ô nhiễm đã làm tổn hại nặng nề nền công nghiệp cá xung quanh Minamata kể từ khi nhà máy Chisso được mở cửa vào năm 1908. Hợp tác xã bắt cá Minamata đã tìm được cách thắng một khoản tiền gọi là "tiền thông cảm" (見舞い金 mimaikin) từ công ty vào năm 1926 và lần thứ hai vào năm 1943; nhưng sau cơn bùng phát của căn bệnh Minamata, tình trạng đánh bắt cá đã trở nên đặc biệt khó khăn. Sản lượng cá bắt được giảm tới 91% từ năm 1953 đến 1957. Chính quyền tỉnh Kumamoto đã ban hành một lệnh cấm cục bộ về việc bán cá bắt được trong vùng vịnh Minamata bị ô nhiễm nặng. Một lệnh cấm toàn bộ vào thời điểm đó sẽ ép buộc một cách hợp pháp công ty phải bồi thường cho ngư dân. Hợp tác xã đánh bắt cá đã phản kháng chống lại Chiso và giận dữ kéo đến công ty vào ngày 6 và 12 tháng 8 để đòi khoản bồi thường. Một hội đồng đã được lập ra bởi thị trưởng Minamata, Todomu Nakamura đứng ra làm trung gian giữa hai bên, nhưng hội đồng này đã được sắp đặt trước với nhiều người đứng về bên công ty. Vào ngày 29 tháng 8, hợp tác xã đã đồng ý bản đề nghị của hội đồng hoà giải, nói rằng: "Để chấm dứt nỗi bức xúc của người dân, chúng tôi đành nuốt nước mắt vào lòng và chấp nhận". Công ty đã trả cho hợp tác xã 20 triệu yên (tương đương 55,600 đô la Mỹ) và lập ra một quỹ 15 triệu yên (41,700 đô la Mỹ) để xúc tiến việc phục hồi lại nghề cá.

Từ sau khi thay đường ống xả thải vào năm 1958, sự ô nhiễm đã lan rộng lên khu vực trên và dưới biển Shiranui, cũng làm thiệt hại công nghiệp cá ở đó. Được khuyến khích bởi sự thành công của một hợp tác xã nhỏ Minamata, Liên hiệp các hợp tác xã của tỉnh Kumamoto cũng quyết định đòi khoản bồi thường từ Chisso. Ngày 17 tháng 10, 1500 ngư dân từ khối liên hiệp kéo nhau đến công ty đòi khoản bồi thường. Khi việc làm này không đạt được kết quả gì, những hội viên của Liên hiệp tổ chức chiến dịch lên tận Tokyo, đạt được một chuyến thăm chính thức tới Minamata của thành viên của quốc hội. Trong chuyến viếng thăm vào ngày 2 tháng 11, các thành viên của Liên hiệp đã kéo nhau đến công ty và làm náo loạn, gây ra rất nhiều thương tích và 10 triệu yên (27,800 đô la Mỹ) tiền tổn hại. Bạo động đã được lan rộng trong giới truyền thông, khiến cả đất nước chú ý tới vấn đề Minamata lần đầu tiên kể từ khi cơn bùng phát bắt đầu. Một hội đồng thoả hiệp khác đã được lập ra, và một hiệp định đã được chốt lại và ký kết vào ngày 17 tháng 12. 25 triệu yên "tiền thông cảm" đã được trả cho liên hiệp và một khoản quỹ 65 triệu yên để phục hồi nghề cá đã được thiết lập.

Vào năm 1959, nạn nhân của bệnh Minamata đã ở vào vị trí yếu hơn rất nhiều so với những người ngư dân. "Hội chung tay giúp đỡ các gia đình bệnh nhân mắc bệnh Minamata" vừa mới thành lập và còn bị chia rẽ hơn rất nhiều so với các hợp tác xã đánh bắt cá. Các gia đình bệnh nhân còn là nạn nhân của phân biệt đối xử và tẩy chay trong chính nơi mà họ sinh sống. Người dân địa phương đã cảm thấy rằng công ty (và cả thành phố của họ khi mà phụ thuộc rất nhiều vào nó) đang đối mặt với sự huỷ hoại kinh tế. Đối với một vài bệnh nhân, sự tẩy chay này của cộng đồng còn đáng sợ hơn cả căn bệnh mà họ gặp phải. Sau khi bắt đầu một cuộc biểu tình ngồi ở cổng nhà máy vào tháng 11 năm 1959, các bệnh nhân đã yêu cầu thống đốc tỉnh Kumamoto Hirosaku Teramoto để đính kèm các yêu cầu bồi thường của bệnh nhân vào quá trình hoà giải đang diễn ra với liên hiệp đánh bắt cá của tỉnh. Chisso đồng ý và sau một vài tuần thoả hiệp thêm, sự đồng ý về một khoản "tiền thông cảm" khác đã được ký. Những người bệnh đã được xác định bởi hội đồng của Bộ y tế và phúc lợi sẽ được bồi thường: Bệnh nhân trưởng thành nhận được 100,000 yên (278 đô la Mỹ) một năm; trẻ em nhận được 30,000 yên (83 đô la Mỹ) một năm, và các gia đình có bệnh nhân đã chết có thể nhận một khoản tiền một lần là 320,000 yên (889 đô la Mỹ).

Việc xử lý chất thải

Vào ngày 21 tháng 10 năm 1959, Chisso đã được yêu cầu bởi Bộ ngoại thương và công nghiệp, chuyển đường ống nước thải của mình từ sông Minamata về lại cảng Hyakken và yêu cầu tăng nhanh tiến độ lắp đặt hệ thống xử lý chất thải ở nhà máy. Chisso đã cho lắp đặt hệ thống lọc Cyclator vào ngày 19 tháng 12 năm 1959, và cho khai trương hệ thống này với một buổi lễ đặc biệt. Chủ tịch của Chisso lúc bấy giờ, Kiichi Yoshioka, đã uống một cốc nước được cho là đã được xử lý qua Cylator để chứng tỏ rằng nguồn nước là an toàn. Thực tế, nước thải từ nhà máy sản xuất acetaldehyde, mà công ty biết rõ là có chứa thuỷ ngân và dẫn tới căn bệnh Minamata khi cho mèo ăn, vẫn không được xử lý qua Cyclator thời gian đó. Bằng chứng từ các thử nghiệm sau này với căn bệnh Niigata Minamata đã chứng minh rằng, Chisso đã biết trước rằng Cyclator hoàn toàn không hiệu quả: "Bể lọc đã được lắp đặt như là một giải pháp có tính chất xã hội và không hề có tác dụng làm giảm thuỷ ngân hữu cơ."

Mánh khoé lừa bịp đó đã có tác dụng và hầu hết tất cả các bên liên quan đối với căn bệnh Minamata đã bị đánh lừa và tin rằng chất thải của nhà máy đã được lọc sạch từ tháng 12 năm 1959 trở đi. Niềm tin đó được lan rộng, người dân cho là các bác sĩ sẽ không có thêm bệnh nhân khác xuất hiện, việc này kéo theo một loạt các vấn đề khác trong những năm tiếp theo, khi mà tình trạng ô nhiễm vẫn tiếp tục. Trong suy nghĩ của nhiều người lúc đó, vấn đề về căn bệnh Minamata đã được giải quyết.