Những năm giữa loạt giao kèo "tiền thông cảm" đầu tiên vào năm 1959 và sự bắt đầu các hành động tố cáo đầu tiên chống lại Chisso vào năm 1969 được gọi là "mười năm của sự yên lặng". Thực tế, có rất nhiều các hoạt động giữa bệnh nhân và ngư dân đã diễn ra trong giai đoạn này, nhưng không có hoạt động nào có sức ảnh hưởng đủ mạnh đến các hoạt động của nhà máy hay gây sự chú ý của Minamata trên truyền thông toàn quốc.

Tiếp tục bị ô nhiễm

Thực tế đã xảy ra hoàn toàn ngược lại với giả thiết chung của hầu hết mọi người, các phương tiện xử lý chất thải đã được lắp đặt từ tháng 12 năm 1959 không có hiệu quả trong việc làm giảm mức thuỷ ngân hữu cơ được xả xuống biển Shiranui. Mức độ ô nhiễm và căn bệnh nó gây ra tiếp tục lan rộng. Chính quyền tỉnh Kumamoto và Kagoshima đã làm một cuộc khảo sát chung vào cuối năm 1960 và đầu năm 1961 về mức độ thuỷ ngân trong tóc của người sống dọc biển Shiranui. Kết quả cho thấy thuỷ ngân hữu cơ đã lan rộng ra khắp biển nội địa và người dân vẫn tiếp tục bị đầu độc bởi cá nhiễm độc. Hàng trăm người đã bị phát hiện là có mức thuỷ ngân cao hơn 50 ppm trong tóc của họ, mức độ có thể dẫn tới tổn thương thần kinh. Kết quả cao nhất đã ghi nhận được là 920 ppm ở một người phụ nữ ở đảo Goshonoura.

Chính quyền 2 tỉnh đã không công bố những kết quả này và không làm gì sau những cuộc khảo sát đó. Những người tham gia hiến tặng mẫu tóc của họ đã không được cho biết kết quả, kể cả khi họ đã yêu cầu. Một cuộc nghiên cứu sau đó đã phát hiện ra rất nhiều trong số họ đã chết "không rõ nguyên nhân".

Bệnh Minamata bẩm sinh

Các bác sĩ địa phương và cán bộ y tế đã phát hiện ra rằng trong một thời gian dài, tần suất cao xuất hiện bệnh bại não và các rối loạn chức năng ở trẻ con ở khu vực Minamata. Vào năm 1961, một số các chuyên gia y tế trong số đó có Masazumi Harada (sau này nhận được huân chương danh dự từ Liên hiệp quốc cho những công trình nghiên cứu của ông về bệnh Minamata) đã tiến hành xét nghiệm lại các trẻ đã bị chẩn đoán là bại não. Các triệu chứng của trẻ em lặp lại y hệt các triệu chứng của người lớn mắc bệnh Minamata, nhưng mẹ của các em không có biểu hiện mắc bệnh. Thực tế các em bé này đã được sinh ra sau đợt bùng phát đầu tiên và chưa bao giờ ăn cá bị nhiễm độc đã khiến mẹ các bé tin rằng con mình không thể là nạn nhân. Thời gian đó, y học tin rằng nhau thai của người mẹ có thể bảo vệ bào thai khỏi độc tố trong máu, điều này là đúng với hầu hết các hoá chất. Điều mà chưa được biết vào thời gian đó là thực tế xảy ra hoàn toàn ngược lại với thuỷ ngân metyla: nhau thai tách thuỷ ngân ra khỏi máu người mẹ và tập trung lại ở bào thai.

Sau vài năm nghiên cứu và khám nghiệm tử thi của 2 trẻ em, các bác sĩ đã công bố rằng những em bé này đã phải chịu đựng một dạng bẩm sinh chưa được biết đến của bệnh Minamata. Một xác nhận hội đồng đã họp nhóm lại vào ngày 29 tháng 11 năm 1962 và đồng ý rằng 2 trẻ em đã chết đó và 16 các em bé khác vẫn còn sống cần được xác nhận là bệnh nhân, và được nhận khoản bồi thường từ Chisso theo pháp lý, căn cứ theo hiệp định ký kết năm 1959.

Sự bùng phát của bệnh Niigata Minamata

Căn bệnh Minamata bùng phát lần nữa vào năm 1965, lần này là ở dọc bờ con sông Agano ở tỉnh Niigata. Nhà máy gây ô nhiễm (sở hữu bởi Showa Denko) đã sử dụng quá trình hoá học trong đó sử dụng thuỷ ngân xúc tác, tương tự như quá trình đã được dùng bởi Chisso ở Minamata. Tương tự như ở Minamata, từ mùa thu 1964 đến mùa xuân 1965, mèo sống dọc bờ sông Agano đã bị phát hiện là trở lên điên dại và chết. Trước đó, các bệnh nhân xuất hiện với những triệu chứng tương tự như bệnh nhân sống ở biển Shiranui, và đợt bùng phát được đưa ra công chúng vào ngày 12 tháng 6 năm 1965. Các nhà nghiên cứu từ Nhóm nghiên cứu của trường đại học Kumamotot và Hajime Hosokawa (người giám đốc bệnh viện giờ đã nghỉ hưu khỏi Chisso vào năm 1962) đã sử dụng những kinh nghiệm của họ, áp dụng vào đợt bùng phát ở Niigata. Vào tháng 8 năm 1966, một bản báo cáo đã được đưa ra chứng tỏ sự làm ô nhiễm của Showa Denko là nguyên nhân dẫn đến căn bệnh Minamata lần thứ 2.

Không như các bệnh nhân ở Minamata, các nạn nhân của sự làm ô nhiễm do Showa Denko gây ra sống ở khu vực cách khá xa nhà máy, và không có một sự liên hệ đặc biệt nào tới công ty. Do đó, cộng đồng địa phương đã ủng hộ nhiều hơn các nhóm của các bệnh nhân và đơn thưa kiện công ty đã được gửi đi vào tháng 3 năm 1968, chỉ 3 năm sau khi phát hiện ra căn bệnh.

Các sự kiện xảy ra ở Niigata đã xúc tác một sự thay đổi lớn trong phản ứng đối với sự cố Minamata đầu tiên. Các nghiên cứu khoa học ở Niigata đã buộc một cuộc rà soát lại các nghiên cứu ở Minamata và quyết định của các bệnh nhân Niigata khi kiện công ty gây ô nhiễm đã khiến cho phản ứng tương tự được cân nhắc ở Minamata. Masazumi Harada đã nói rằng, "bạn nghe có vẻ thấy lạ, nhưng thực sự là nếu mà căn bệnh Minamata thứ hai này không xảy ra, sự tiến triển của y tế và xã hội có được lúc này ở Kumamoto … là không thể có được."

Trong khoảng thời gian đó, 2 căn bệnh liên quan đến ô nhiễm khác cũng đang lên đầu các trang báo ở Nhật Bản. Nạn nhân của bệnh xuyễn Yokkaichi và bệnh itai itai đã cùng nhau lập các nhóm dân và đệ đơn kiện chống lại các công ty gây ô nhiễm lần lượt vào tháng 9 năm 1967 và tháng 3 năm 1968. Các căn bệnh này sau này được biết đến là bốn căn bệnh ô nhiễm chính của Nhật Bản.

Chậm mà chắc, tình hình ở Minamata và Nhật Bản nói chung đã bị thay đổi. Các bệnh nhân Minamata thấy rằng cộng đồng dần dần trở nên lắng nghe và thấu hiểu khi mười năm gần trôi qua. Điều này lên đến cực điểm vào năm 1968 với sự thành lập ở Minnamata của "Hội đồng của công dân chống lại căn bệnh Minamata", và đã trở thành lực lượng ủng hộ chính từ dân chúng tới các bệnh nhân Minamata. Một trong những thành viên sáng lập của hội đồng là Michiko Ishimure, một người phụ nữ nội trợ địa phương và cũng là nhà thơ, người mà sau năm đó đã xuất bản "Mảnh đất thuần khiết, bờ biển bị ô nhiễm: căn bệnh Minamata của chúng ta," (苦海浄土―わが水俣病 Kugai Jōdo: Waga Minamatabyō?) cuốn sách tiểu luận bằng thơ đã nhận được sự hoan nghênh của toàn quốc.