Thủ đô của Nhật Bản tạm thời được cho là Tokyo, với cung điện của Thiên Hoàng và văn phòng chính phủ Nhật Bản và nhiều tổ chức chính phủ.[1][2][3] Cùng với đó thì tên hành chính của Tokyo được gọi là Tokyo-to (東京都 - Đông Kinh đô), trong khi hầu hết các tỉnh của Nhật Bản trừ Kyoto-fu, Osaka-fu và Hokkaido thì được gọi là "ken" (県 - huyện). Tuy vậy Nhật Bản chưa bao giờ chính thức thừa nhận Tokyo là thủ đô vì một số lý do nhất định[4]. Theo thông lệ, nơi Thiên Hoàng ở chính là thủ đô. Trong quá trình lịch sử, thủ đô quốc gia của Nhật đã được đặt ở nhiều vị trí khác ngoài Tokyo.