Thông Nguyên là một xã thuộc huyện Hoàng Su Phì, tỉnh Hà Giang, Việt Nam.Xã Thông Nguyên có vị trí địa lý:Xã Thông Nguyên có diện tích 40,84 km², dân số năm 1999 là 2.379 người,[1] mật độ dân số đạt 58 người/km².Xã Thông Nguyên được chia thành 13 thôn, bản: Ông Hạ, Tân Hạ, Nậm Lìn, Nậm Mon, Khu Chợ, Hồng Quang, Bản Giàng, Nậm Hồng, Giàng Hạ, Giàng Thượng, Phìn Hồ, Nậm Nghĩ, Làng Giang.