Kiến trúc tế bào (tiếng Anh: cytoarchitecture hoặc cytoarchitectonics, từ tiếng Hy Lạp κύτος=tế bào + αρχιτεκτονική=kiến trúc) là ngành học nghiên cứu cấu tạo tế bào của mô trong cơ thể ở tầm vi mô.Trong sinh học, kiến trúc tế bào nói đến sự sắp xếp tế bào trong một mô hoặc cấu trúc phân tử của tế bào. Trong thần kinh học, nó đề cập riêng đến sự sắp xếp thân nơ-ron trong não hoặc tủy sống.