Thị trường logistics của Việt Nam tương đương 21-25% GDP, nhưng 80% thị phần này rơi vào tay doanh nghiệp nước ngoài, phần còn lại được chia cho khoảng 3000 doanh nghiệp nội địa. Thị trường logistics lớn như vậy, nhưng đóng góp vào GDP hàng năm chỉ 2-3%, do chi phí quá lớn.[162] Chi phí logistics của Việt Nam hiện rất cao. Năm 2020, Hiệp hội Doanh nghiệp dịch vụ logistics Việt Nam (VLA) ước tính chi phí logistics của hải sản chiếm 12,2%, gạo chiếm 19,8%, cà phê 9,5% và rau quả chiếm 29,5% tổng chi phí.[163]

Thị trường vận tải hành khách và hàng hóa cả liên tỉnh, nội tỉnh và đô thị ở Việt Nam đã và đang rơi vào tình trạng phụ thuộc quá mức vào đường bộ. Vận tải hành khách liên tỉnh, đường bộ chiếm khoảng 94% tổng số hành khách trong khi đường sắt phục vụ chưa tới 0,5%. Về vận tải hàng hóa nội địa của Việt Nam, đường bộ hiện đang chiếm trên 65% tổng sản lượng vận tải trong khi đường sắt chỉ chiếm 0,6%, đường biển 18%.[164]

Tính đến năm 2019, đội máy bay của các hãng hàng không Việt Nam là 229 chiếc với độ tuổi trung bình 5,1. Trong đó, các hãng sở hữu 53 chiếc chiếm 23,1% với độ tuổi trung bình là 7,5. Đáng chú ý là tất cả các hãng đều chưa có đội máy bay chở hàng riêng.[165] Đại dịch Covid-19 tác động nặng nề lên tất cả các hãng hàng không. Lũy kế 6 tháng đầu năm 2020, Vietnam Airlines đạt doanh thu 24934 tỷ đồng, bằng một nửa so với cùng kỳ năm 2019, nhưng tổng lợi nhuận kế toán trước thuế bị âm 6542 tỷ đồng so với khoản lợi nhuận thực dương 1785,7 tỷ đồng cùng kỳ năm 2019. Trong khi đó, đối thủ lớn nhất của Vietnam Airlines là hãng Vietjet lỗ 2111 tỷ đồng.[166]

Vận tải đường sắt Việt Nam hoàn toàn do các doanh nghiệp quốc doanh đảm nhận, kinh doanh kém hiệu quả. Mô hình tổ chức hiện tại của đường sắt Việt Nam có 3 đơn vị kinh doanh phục vụ vận tải đường sắt gồm: công ty cổ phần vận tải đường sắt Hà Nội, công ty cổ phần vận tải đường sắt Sài Gòn, công ty cổ phần vận tải và thương mại đường sắt (Ratraco). Trong đó, 2 công ty cổ phần vận tải đường sắt Hà Nội và Sài Gòn kinh doanh cả vận tải hàng hóa và hành khách, trùng lặp và tự cạnh tranh lẫn nhau. Tính từ thời điểm tháng 7 năm 2003, khi chính phủ Việt Nam quyết định tách Cục Đường sắt làm nhiệm vụ quản lý nhà nước và Tổng công ty đường sắt hoạt động theo Luật doanh nghiệp, Tổng công ty đường sắt đã có 5 lần thay đổi cơ cấu hoạt động bên trong, tách - nhập các đơn vị thành viên. Trong khi đó, những vướng mắc căn cơ nhất của đường sắt trong nhiều năm lại chưa được giải quyết, đó là bộ máy lao động cồng kềnh, kém hiệu quả. Đường sắt vẫn duy trì quá nhiều doanh nghiệp công ích hoạt động bằng ngân sách, như các doanh nghiệp cầu đường, thông tin tín hiệu với lao động thủ công, trong khi lại chậm hiện đại hóa để cắt giảm lao động, tiết kiệm chi phí.[167] Các vấn đề về kết cấu hạ tầng đường sắt còn khá lạc hậu, như: Bình diện hạn chế, độ dốc dọc lớn, cầu yếu, hầm yếu... là những nguyên nhân ảnh hưởng trực tiếp đến việc nâng cao tải trọng, tốc độ chạy của tàu, năng lực thông qua và năng lực chuyên chở trên các tuyến. Hệ thống thông tin tín hiệu trên các tuyến không đồng bộ về công nghệ, kỹ thuật, mỗi tuyến, khu đoạn lại sử dụng một công nghệ… Hệ thống đường sắt Việt Nam hiện được vận hành với gần 300 đầu máy đang hoạt động, song phần lớn đều là những đầu máy cũ có tuổi đời từ 30 năm trở lên. Công suất và tốc độ của đầu máy thấp, tiêu hao nhiều nhiên liệu. Toa tàu khách và tàu hàng của đường sắt cũng được khai thác nhiều năm với nhiều chủng loại, gây khó khăn, trở ngại trong vận hành, bảo trì, sửa chữa.[168] Cuối năm 2019, thị phần vận tải của ngành đường sắt mà Tổng công ty đường sắt là đại diện duy nhất đang ở mức thấp nhất trong lịch sử khi chỉ chiếm chưa đầy 0,2% sản lượng vận chuyển hành khách và 1,2% sản lượng vận tải hàng hóa, trong khi về lý thuyết, đường sắt có lợi thế chi phí và độ an toàn cao.[169]

Năm 2019, Việt Nam có 272 bến cảng, tổng chiều dài cầu cảng đạt 92,2 km với tổng công suất trên 550 triệu tấn/năm. Sản lượng hàng hóa thông qua hệ thống cảng biển ngày một lớn, mức tăng trưởng bình quân hàng năm giai đoạn 2000-2017 là 10,4%, riêng hàng container có mức tăng trưởng bình quân 13,4%/ năm. So với năm 2000, sản lượng hàng hóa thông qua cảng biển Việt Nam năm 2017 đã tăng 6 lần về tổng hàng, từ 73 triệu tấn lên 442 triệu tấn và tăng 12,5 lần về hàng container, từ 1,1 triệu TEU lên 14,4 triệu TEU. Tỷ trọng lượng hàng thông qua hệ thống cảng biển của phương tiện thủy nội địa đã tăng 11,5% trong giai đoạn 2016-2018.[170] Tuy nhiên, thị phần hàng hóa phân bổ giữa các cảng khá chênh lệch. Cụ thể, khu vực các cảng phía Bắc chiếm 25 - 30% khối lượng vận tải nên công suất vẫn còn thừa. Các cảng miền Trung chỉ chiếm 13% tổng sản lượng thông qua đang ở tình trạng thiếu hàng hóa, chỉ sử dụng một phần công suất. Trong khi đó, các cảng phía Nam chiếm đến 57%, riêng sản lượng container qua cảng chiếm đến 90%, hiện đang quá tải. Nhiều ý kiến cho rằng, công suất các cảng giữa các cảng biển chênh lệch lớn như trên phản ánh một tầm nhìn hạn hẹp trong quy hoạch hệ thống cảng biển Việt Nam.[171]

Theo sách trắng VLA 2018, hệ thống cảng cạn (ICD) Việt Nam gồm có 11 cảng cạn kết nối với cảng Hải Phòng ở miền Bắc, 12 cảng cạn kết nối với các cảng biển Bà Rịa - Vũng Tàu và thành phố Hồ Chí Minh ở miền Nam. Khu vực miền Trung chưa có hệ thống ICD do lượng hàng container qua hệ thống cảng biển miền Trung rất thấp, các cảng biển tiếp nhận container nhìn chung đủ và dư năng lực kho bãi.[172]

Tính đến thời điểm tháng 7 năm 2020, đội tàu biển Việt Nam có 1503 tàu (trong đó tàu vận tải hàng hóa là 1038 tàu) với tổng dung tích khoảng 5,06 triệu GT và tổng trọng tải khoảng 7,9 triệu DWT. Tuổi tàu bình quân của đội tàu Việt Nam là 16,6 tuổi.[173]

Vận tải thủy nội địa, ven biển là một trong những lĩnh vực có tốc độ tăng trưởng nhanh, chiếm thị phần ngày càng lớn trong bức tranh vận tải Việt Nam. Theo Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, năm 2018, khối lượng vận tải hàng hóa đường thủy đạt hơn 288 triệu tấn, tăng 25,52% so với năm 2017.[174] Năm 2019, Ngân hàng Thế giới đánh giá vận tải đường thủy nội địa của Việt Nam có tỷ lệ đảm nhận vận chuyển hàng hóa nội địa cao hơn nhiều so với Trung Quốc, Hoa Kỳ và EU (trừ Hà Lan). Ngân hàng Thế giới cũng đánh giá vận tải đường thủy nội địa của Việt Nam đang hoạt động tốt với các dấu hiệu tăng trưởng và chuyển biến đáng khích lệ.[175]

Tại thời điểm tháng 7 năm 2020, cả nước Việt Nam có 45 tuyến đường thủy nội địa với tổng chiều dài khoảng 7075 km (miền Bắc có 17 tuyến, miền Nam có 18 tuyến, miền Trung có 10 tuyến). Hệ thống đường thủy của Việt Nam có 251/532 cầu và công trình vượt sông nằm trên các tuyến đường thủy nội địa quốc gia có tĩnh không thông thuyền thấp hơn thông số kỹ thuật theo cấp quy hoạch đã được phê duyệt. Trừ một số cảng chuyên dụng (than, xi măng, nhiệt điện), còn lại phần lớn công trình, thiết bị bốc xếp ở hầu hết các cảng đều đã cũ, lạc hậu. Có ít cảng thủy nội địa đủ tiêu chuẩn bốc dỡ container, trong khi tổ chức vận tải đa phương thức, dịch vụ logistics ở các cảng đầu chính cũng chưa được thực hiện.[176]

Trong bảng xếp hạng Chỉ số hoạt động logistics (LPI) năm 2018 của Ngân hàng thế giới, Việt Nam được xếp hạng 39/160 nước điều tra. Tất cả các chỉ số đánh giá LPI đều tăng bậc so với kỳ đánh giá gần nhất trước đó (năm 2016), trong đó có mức tăng cao nhất là năng lực chất lượng dịch vụ và khả năng theo dõi, truy xuất hàng hóa.[177]