Hô hấp yếm khí hay còn gọi là hô hấp kỵ khí là hô hấp sử dụng chất ôxi hóa khác không phải ôxi. Tuy ôxi không được sử dụng như chất nhận electron (chất ôxi hóa) cuối, quá trình vẫn sử dụng một chuỗi chuyền electron gọi là physolmere; sự hô hấp không có ôxi.[1]Trong quá trình hô hấp của những sinh vật hiếu khí, electron được gắn kết vào một chuỗi chuyền electron, và chất ôxi hóa cuối là ôxi. Phân tử ôxi là một chất có tính ôxi hóa rất cao, do đó nó là một chất nhận electron xuất sắc. Ở những sinh vật yếm khí, những chất ít ôxi hóa khác như là sunfat (SO42−), nitrat (NO3−), sunfur (S), hay fumarat được sử dụng. Những chất nhận electron cuối này có khả năng khử kém hơn O2, có nghĩa là có năng lượng ít hơn được sản sinh ra trên mỗi phân tử bị ôxi hóa. Vì vậy, ta có thể nói rằng, hô hấp yếm khí kém hiệu quả hơn hô hấp hiếu khí.Hô hấp yếm khí được sử dụng chủ yếu bởi các vi khuẩn và cổ khuẩn sống trong môi trường thiếu thốn ôxi. Nhiều sinh vật yếm khí thuộc trong dạng yếm khí bắt buộc, tức là chúng sẽ chỉ hô hấp được với những hợp chất yếm khí và sẽ chết nếu có sự hiện diện của ôxi.