Rafael Nadal bảo vệ thành công danh hiệu khi đánh bại Roger Federer trong trận chung kết 1–6, 6–1, 6–4, 7–6(7–4), để giành chức vô địch Đơn nam tại Giải quần vợt Pháp Mở rộng 2006. Đây là thất bại đầu tiên của Federer trong một trận chung kết Grand Slam. Anh có cơ hội trở thành tay vợt đầu tiên kể từ Rod Laver năm 1969 nắm giữ cả bốn danh hiệu Grand Slam cùng lúc, sau khi đã vô địch Wimbledon, Giải quần vợt Mỹ Mở rộng và Giải quần vợt Úc Mở rộng. Kỳ tích này được tạo ra sau đó một thập kỷ bởi Novak Djokovic, trong cùng giải đấu, khi lần đầu tiên vào đến tứ kết của một giải Grand Slam.Giải đấu cũng chứng kiến sự xuất hiện lần đầu tiên của nhà vô địch Grand Slam tương lai Juan Martín del Potro trong một giải Grand Slam.