Giải bóng đá Cúp Quốc gia 2006, mang tên gọi là Giải bóng đá Cúp Quốc gia Vinakansai Cement 2006 Là giải đấu Cúp của bóng đá Việt Nam được tổ chức lần thứ 14, có 28 câu lạc bộ thuộc hai giải chuyên nghiệp và hạng nhất tham dự. Do đội Cần Thơ bị kỷ luật (tội hối lộ) và phải xuống hạng nhì nên chỉ còn 27 đội.[1]4 đội vào bán kết Cúp quốc gia mùa trước là Gạch Đồng Tâm Long An, Hải Phòng, Hoàng Anh Gia Lai và Khánh Hoà cùng với câu lạc bộ bóng đá Đông Á (do bốc thăm) được miễn đấu vòng đấu đầu tiên (vòng 1/16).22 đội tham dự vòng 1/16 để chọn ra 11 đội. 11 đội này cùng với 5 đội được miễn thi đấu vòng 1/16 sẽ tham dự vòng 1/8.Ngày 23 tháng 12, câu lạc bộ bóng đá Đông Á được chuyển giao cho câu lạc bộ bóng đá Gạch Đồng Tâm Long An và mang tên mới Sơn Đồng Tâm Long An. Vì 2 đội Gạch Đồng Tâm và Sơn Đồng Tâm cùng thuộc một câu lạc bộ, nên Sơn Đồng Tâm sẽ không được tham gia Cúp quốc gia 2006 và trận đấu với Bình Định ở vòng 1/8 bị hủy bỏ. Bình Định giành quyền vào vòng tứ kết.[1][2]