Chính trị Indonesia vận hành theo cấu trúc của một nước cộng hòa dân chủ đại nghị tổng thống chế, theo đó Tổng thống Indonesia là nguyên thủ quốc gia và đồng thời là người đứng đầu chính phủ, cũng như của một hệ thống đa đảng. Quyền hành pháp được thực thi bởi chính phủ. Quyền lập pháp được trao cho cả chính phủ và lưỡng viện quốc hội là Hội nghị Hiệp thương Nhân dân, gồm Hội đồng Đại diện Khu vực (tức thượng viện) và Hội đồng Đại diện Nhân dân (tức hạ viện). Nhánh tư pháp độc lập với cơ quan hành pháp và cơ quan lập pháp.[1]Hiến pháp năm 1945 cho phép phân chia giới hạn quyền hành pháp, lập pháp và tư pháp. Hệ thống chính phủ được mô tả là "tổng thống chế với các đặc điểm của hệ thống nghị viện".[1] Sau các cuộc bạo loạn tháng 5 năm 1998 và sự từ chức của Tổng thống Suharto, một số cải cách chính trị đã được thực hiện thông qua sửa đổi Hiến pháp Indonesia, dẫn đến thay đổi đối với tất cả các nhánh quyền lực trong chính phủ.