Phường (5):Minh Khai · Ngọc Hà · Nguyễn Trãi · Quang Trung · Trần Phú
Xã (3):Ngọc Đường · Phương Độ · Phương ThiệnThị trấn (1):Yên Phú (huyện lỵ)
Xã (12):Đường Âm · Đường Hồng · Giáp Trung · Lạc Nông · Minh Ngọc · Minh Sơn · Phiêng Luông · Phú Nam · Thượng Tân · Yên Cường · Yên Định · Yên PhongThị trấn (2):Việt Quang (huyện lỵ) · Vĩnh Tuy
Xã (21):Bằng Hành · Đồng Tâm · Đông Thành · Đồng Tiến · Đồng Yên · Đức Xuân · Hùng An · Hữu Sản · Kim Ngọc · Liên Hiệp · Quang Minh · Tân Lập · Tân Quang · Tân Thành · Thượng Bình · Tiên Kiều · Việt Hồng · Việt Vinh · Vĩnh Hảo · Vĩnh Phúc · Vô ĐiếmThị trấn (2):Đồng Văn (huyện lỵ) · Phố Bảng
Xã (17):Hố Quáng Phìn · Lũng Cú · Lũng Phìn · Lũng Táo · Lũng Thầu · Má Lé · Phố Cáo · Phố Là · Sà Phìn · Sảng Tủng · Sính Lủng · Sủng Là · Sủng Trái · Tả Lủng · Tả Phìn · Thài Phìn Tủng · Vần ChảiThị trấn (1):Vinh Quang (huyện lỵ)
Xã (23):Bản Luốc · Bản Máy · Bản Nhùng · Bản Phùng · Chiến Phố · Đản Ván · Hồ Thầu · Nam Sơn · Nàng Đôn · Nậm Dịch · Nậm Khòa · Nậm Ty · Ngàm Đăng Vài · Pố Lồ · Pờ Ly Ngài · Sán Xả Hồ · Tả Sử Choóng · Tân Tiến · Thàng Tín · Thèn Chu Phìn · Thông Nguyên · Tụ Nhân · Túng SánThị trấn (1):Mèo Vạc (huyện lỵ)
Xã (17):Cán Chu Phìn · Giàng Chu Phìn · Khâu Vai · Lũng Chinh · Lũng Pù · Nậm Ban · Niêm Sơn · Niêm Tòng · Pả Vi · Pải Lủng · Sơn Vĩ · Sủng Máng · Sủng Trà · Tả Lủng · Tát Ngà · Thượng Phùng · Xín CáiThị trấn (1):Tam Sơn (huyện lỵ)
Xã (12):Bát Đại Sơn · Cán Tỷ · Cao Mã Pờ · Đông Hà · Lùng Tám · Nghĩa Thuận · Quản Bạ · Quyết Tiến · Tả Ván · Thái An · Thanh Vân · Tùng VàiThị trấn (1):Yên Bình (huyện lỵ)
Xã (14):Bản Rịa · Bằng Lang · Hương Sơn · Nà Khương · Tân Bắc · Tân Nam · Tân Trịnh · Tiên Nguyên · Tiên Yên · Vĩ Thượng · Xuân Giang · Xuân Minh · Yên Hà · Yên ThànhThị trấn (2):Vị Xuyên (huyện lỵ) · Nông trường Việt Lâm
Xã (22):Bạch Ngọc · Cao Bồ · Đạo Đức · Kim Linh · Kim Thạch · Lao Chải · Linh Hồ · Minh Tân · Ngọc Linh · Ngọc Minh · Phong Quang · Phú Linh · Phương Tiến · Quảng Ngần · Thanh Thủy · Thanh Đức · Thuận Hòa · Thượng Sơn · Trung Thành · Tùng Bá · Việt Lâm · Xín ChảiThị trấn (1):Cốc Pài (huyện lỵ)
Xã (17):Bản Díu · Bản Ngò · Chế Là · Chí Cà · Cốc Rế · Khuôn Lùng · Nà Chì · Nàn Ma · Nàn Xỉn · Nấm Dẩn · Pà Vầy Sủ · Quảng Nguyên · Tả Nhìu · Thèn Phàng · Thu Tà · Trung Thịnh · Xín MầnThị trấn (1):Yên Minh (huyện lỵ)
Xã (17):Bạch Đích · Du Già · Du Tiến · Đông Minh · Đường Thượng · Hữu Vinh · Lao Và Chải · Lũng Hồ · Mậu Duệ · Mậu Long · Na Khê · Ngam La · Ngọc Long · Phú Lũng · Sủng Thài · Sủng Cháng · Thắng Mố