Trong thời kỳ Minh Trị, Nhật Bản đã gửi những người thực dân đến phần phía nam của Sakhalin. Nhưng trong "Hiệp ước về việc trao đổi Kuril Sakhalin" Sau khi ký kết, Quần đảo Kuril được quyền sở hữu của Nhật Bản để đổi lấy sự công nhận chủ quyền của Nga trên toàn bộ đảo.

Năm 1905, Nhật Bản đã chiến thắng Chiến tranh Nga-Nhật. Theo "Hiệp ước Portsmouth" được ký kết sau chiến tranh, Nhật Bản đã mua lại phần phía nam của Sakhalin (Karafuto) từ Nga. Vào tháng 4 năm 1907, Nhật Bản đã thành lập Karafuto, thay thế cho cơ quan hành chính ban đầu Sở Nội vụ Hoa Kỳ. Karafuto, trụ sở tại Bộ Nội vụ Hoa Kỳ. Karafuto, trụ sở tại Ōdomari (nay là một phần của Korsakov, Nga) Trong thời gian Nhật Bản thống trị đảo Sakhalin phía nam, nó đã thực hiện một mức độ hoạt động tiên phong nhất định và các ngành công nghiệp địa phương, lâm nghiệp và khai thác mỏ đã phát triển đến một mức độ nhất định. Người nhập cư Nhật Bản đến Nam Sakhalin chủ yếu đến từ Nhật Bản và cai trị Bắc Triều Tiên. Năm 1943, Nhật Bản sẽ hợp nhất Karafuto vào hệ thống địa phương quản lý, cho đến năm 1945 chiếm đóng của Liên Xô địa phương.[8][9][10].

Từ năm 1920 đến 1925, Nhật Bản chiếm Bắc Sakhalin trong cuộc can thiệp của Nội chiến Nga ở Siberia. Cho đến năm 1944, Nhật Bản có đặc quyền khai thác than và dầu ở phía bắc Sakhalin[11].