Killarney là nơi có diện tích đất rừng tự nhiên và bán tự nhiên còn lại lớn nhất Ireland với khoảng 120 kilômét vuông (30.000 mẫu Anh). Hầu hết diện tích được bảo vệ trong vườn quốc gia. Có ba loại rừng chính ở vườn quốc gia là rừng sồi ưa a-xít trên sa thạch Devon, rừng rêu trên các mỏm đá vôi Carbon và rừng ẩm ướt bị chi phối bởi những cây Sủi châu Âu trên đất đá và đầm lầy thấp ven hồ.[13] Các khu rừng tự nhiên phân bố dọc theo đường phân chia địa chất trong đó những khu rừng sồi và thanh tùng châu Âu có tầm quan trọng quốc tế.[2] Vườn quốc gia cũng là nơi có khu rừng hỗn giao và rừng lá kim nằm trên đảo Ross. Đó là một trong những khu vực thảo mộc giàu có nhất tại vườn quốc gia.

Rừng sồi

Vườn quốc gia nổi tiếng nhất nhờ vào khu rừng sồi có diện tích khoảng 12,2 kilômét vuông (3.000 mẫu Anh).[11] Chúng tạo thành rừng bản địa còn lại lớn nhất tại Ireland và là tàn dư của một khu rừng từng bao phủ phần lớn Ireland. Khu vực rừng Derrycunihy chiếm ưu thế bởi những cây Sồi Sessile và cũng chính là khu rừng sồi loại này lớn nhất Ireland. Hầu hết các khu rừng sồi nằm trên sườn dốc của dãy núi Shehy và Tomy, liền ngay với hồ Lough Leane. Sồi là loài chiếm ưu thế tại đó, chúng là loài ưa chua, sinh trưởng trên khu vực núi đá sa thạch. Trong rừng có hệ động thực vật đa dạng và phong phú, đáng chú ý nhất trong số đó chính là vô số các loài rêu và rêu tản.[2]

Một số loài thực vật đáng chú ý khác gồm Bùi châu Âu, Thanh tùng châu Âu, Việt quất đen. Về động vật, rừng sồi là nơi có thể dễ dàng bắt gặp các loài chim như Sẻ ngô xanh, Sẻ khướu, Tước mào vàng, Oanh châu Âu, Tiêu liêu cùng một số loài động vật khác gồm Lửng, Hươu đỏ, Hươu sao, Chồn thông châu Âu, Sóc đỏ, Ong bắp cày Gall và một số loài bướm.

Rừng sồi hiện đang bị đe dọa bởi những cây Đỗ quyên, và hiện nó đang khá phổ biến ở khu vực rừng Camillan mặc dù đã có nhiều nỗ lực trong việc kiểm soát nó.[2]

Rừng thanh tùng châu Âu

Những cây thanh tùng châu Âu tập trung ở khu vực rừng Reenadinna. Nó có diện tích khoảng 0,25 kilômét vuông (62 mẫu Anh) trên khu vực đất đá vôi thấp giữa hai hồ Muckross và Lough Leane trên bán đảo Muckross. Rừng thanh tùng là môi trường sống hiếm nhất tại vườn quốc gia,[22] và cũng là một trong số những loại rừng hiếm nhất châu Âu, chủ yếu giới hạn ở miền tây Ireland và miền nam nước Anh. Reenadinna cũng là một trong những khu rừng thanh tùng lớn nhất ở Anh và Ireland. Đây là khu vực rừng thanh tùng đáng kể duy nhất ở Ireland và là một trong ba vùng rừng thanh tùng nguyên sinh ở châu Âu.[23] Đây là mối quan tâm đáng kể về sinh thái và bảo tồn, vì thủy tùng hiếm khi chiếm ưu thế trong một khu rừng. Giới hạn phía tây của nó nằm dọc theo ranh giới địa chất với đá sa thạch đỏ cổ Devon, trong khi phía đông là nơi những phiến đá vôi không còn trồi lên mặt đất. Đầm lầy Muckross là một bãi lầy có diện tích 0,02 kilômét vuông (4,9 mẫu Anh) nằm ở phía nam của khu rừng thanh tùng. Theo ước tính thì những cây thanh tùng đã phát triển tại đây ít nhất từ 3.000–5.000 năm trước. Chúng là một loài cây thường xanh bản địa phát triển tốt nhất trong điều kiện độ ẩm cao của khí hậu ôn đới hải dương, chính vì vậy mà Killarney trở thành một nơi thích hợp.[24] Đất trong khu rừng hầu hết mỏng và một số nơi rễ của cây còn đâm vào khe nứt đá vôi. Thanh tùng là loài cây gỗ thân thấp, chỉ từ 6–14 mét (20–46 ft).[2] Tuy nhiên, tán cây rộng và sức chịu đựng vô cùng đáng nể cho phép nó vượt qua nhiều loài khác để sinh trưởng, tạo ra khu rừng thủy tùng nguyên sinh như ngày nay. Tán cây rộng vô hình trung khiến nhiều loài thực vật có hoa và thảo mộc khó phát triển nhưng rêu lại là loài phong phú và phát triển mạnh trong điều kiện ẩm ướt và mát mẻ đó. Ở một số phần của khu rừng là những lớp rêu dày đặc có thể lên đến 152 xentimét (60 in). Các loài rêu chủ yếu tại đây gồm Thamnium alopecurum, Eurhynchium striatum, và Thuidium tamariscinum.[24]

Một số cây thanh tùng ở Reenadinna có tuổi đời lên đến 200 năm. Có rất ít sự tái sinh của những cây đã chết trong khu rừng, có thể là do đáy rừng tác động của những con hươu sao không thể đâm trồi được nhưng các khu vực nhỏ được rào lại từ năm 1969 cũng có rất ít trường hợp tái sinh. Những tán cây rậm rạp được tạo ra bởi những cây thanh tùng khiến rất ít ánh sáng mặt trời chiếu xuống đất rừng cũng có thể là nguyên nhân ngăn chặn sự phát triển của cây thanh tùng non.

Mặc dù có đặc tính độc nhưng thanh tùng lại rất dễ bị thương tổn bởi hươu, thỏ và các loài vật nuôi. Chúng là một trong số những loài cây bị gặm nhấm nhiều nhất ở Killarney. Những con hươu sao đã đốn hạ những cây thanh tùng bằng gạc của chúng.[24]

Rừng ẩm ướt

Khu rừng ẩm ướt trên đầm lầy đá vôi thấp trong vùng ngập nước Lough Leane có diện tích 1,7 kilômét vuông (420 mẫu Anh).[25] Đây là một trong số những khu vực kiểu rừng này rộng lớn nhất Ireland. Khu vực này là sự chiếm ưu thế của nhiều loài cây gồm Sủi châu Âu, Tần bì châu Âu, Bạch dương trắng châu Âu, Liễu. Do khu vực này ngập nước theo chu kỳ nên cũng rất phong phú các loài thủy sinh như cỏ, bấc, cói, húng nước, trân châu mai. Những loài động vật chính tại đây gồm có hươu đỏ và hươi sao.