Trong Vương triều của vua Merneptah xảy ra một cuộc nội chiến giữa những người muốn tranh giành ngai vàng với Merneptah. Amenmesse đã chiếm đoạt được ngai vàng từ con trai và người kế nhiệm Seti II của Merneptah, nhưng ông chỉ cai trị được bốn năm. Sau khi ông chết, Seti II đã lấy lại sức mạnh và phá hủy rất nhiều của vật và kỳ tích của Amenmesse. Ông đã phục vụ tại Tòa án bởi Tướng Yarsu, ông ban đầu chỉ là một người ghi chép cho hoàng gia nhưng sau đó, ông nhanh chóng trở thành một trong những người có quyền lực nhất ở Ai cập và xây dựng một ngôi mộ của riêng mình ở Thung lũng của các vị Vua (KV17). Sau khi Siptah chết, Twosret đã cai trị Ai Cập thêm hai năm nữa, nhưng bà ấy không thể chứng minh mình là người có đủ khả năng và quyền lực để duy trì một vương quốc. Mặc dù vậy, bà đã lật đổ được một trong những cuộc nổi dậy lớn dẫn đầu bởi Setnakhte, người sáng lập Vương triều thứ Hai Mươi.