Từ “bí mật” trong tên cũ “Văn khố Bí mật Vatican” không có nghĩa hiện đại là kín đáo. Đáng lí nên dịch là “Văn khố Tư nhân Vatican” vì tài liệu lưu trữ thuộc sở hữu của giáo hoàng, không phải của Toà Thánh hay bất cứ bộ nào thuộc Giáo triều Rôma. Tuy nhiên một vài phần của kho lưu trữ vẫn đúng là bí mật hay “cơ mật” trong ngữ cảnh hiện đại, chủ yếu tài liệu về các nhân vật và hoạt động đương đại, bao gồm mọi tư liệu từ sau năm 1939 và giấy tờ riêng của các nhân vật trong giáo hội sau năm 1922.[6] Ngày 28 tháng 10 năm 2019 Giáo hoàng Phanxicô ra tự sắc đổi tên Văn khố Bí mật Vatican thành Văn khố Tông toà Vatican.[4][5]