Viện Hàn lâm Khoa học Estonia (tiếng Estonia: Eesti Teaduste Akadeemia) được thành lập năm 1938 là viện khoa học của Estonia. Cũng như các viện hàn lâm quốc gia khác, Viện này gồm những nhà khoa học độc lập nổi tiếng có nhiệm vụ thúc đẩy việc nghiên cứu và phát triển, khuyến khích việc hợp tác khoa học quốc tế, cùng phổ biến kiến thức cho công chúng.[1][2] Tới tháng 6 năm 2006, Viện có 57 viện sĩ chính thức và 15 viện sĩ nước ngoài.[3] Hiện nay Richard Villems, nhà sinh học của Đại học Tartu làm chủ tịch viện từ tháng 11 năm 2004.[4]