Theo nguồn giải tưởng từ Bộ Quốc phòng Mỹ cho hay, có một hệ thống tàu điện ngầm thứ hai và sâu hơn có tên là "D-6" (hay còn gọi là Metro-2), được thiết kế để sơ tán khẩn cấp các nhân viên chính phủ chủ chốt trong trường hợp bị tấn công hạt nhân trong Chiến tranh Lạnh, tồn tại dưới quyền tài phán quân sự. Các quan chức quân đội Mỹ cho biết nó bao gồm một hệ thống đường tàu kết nối điện Kremlin, trụ sở FSB, Bộ Quốc phòng và một số cơ sở bí mật khác. Người ta tin rằng, lối vào hệ thống Metro-2 là từ một số tòa nhà dân sự, chẳng hạn như Thư viện Quốc gia Nga, Đại học Quốc gia Moskva (MSU) và từ 2 nhà ga của hệ thống Metro thường. Có thể một số ít dân thường được lựa chọn ngẫu nhiên để sơ tán, ngoài hầu hết các nhân viên quân sự ưu tú. Một ngã ba chuyển làn giữa hệ thống bí mật này và Metro thông thường được cho là nằm phía sau trạm Sportivnaya trên Tuyến Sokolnicheskaya. Phần cuối cùng của hệ thống này được cho là đã hoàn thành vào năm 1997.