Thuốc chống sinh vật nguyên sinh (mã ATC: ATC P01) là một nhóm dược phẩm được sử dụng trong điều trị nhiễm trùng sinh vật nguyên sinh.Sinh vật nguyên sinh có ít điểm chung với nhau (ví dụ, Entamoeba histolytica, một sinh vật một lông roi cơ thể nhân thực, có liên quan ít chặt chẽ với Naegleria fowleri, một sinh vật hai lông roi có cơ thể nhân chuẩn, hơn là Homo sapiens, mà thuộc về nhóm phát sinh loài sinh vật một lông roi) và như vậy tác nhân chống lại một mầm bệnh có thể không hiệu quả đối với tác nhân khác.Chúng có thể được nhóm theo cơ chế [1] hoặc theo sinh vật.[2] Các bài báo gần đây cũng đã đề xuất sử dụng vi-rút để điều trị nhiễm trùng do động vật nguyên sinh.[3][4]