Thuyết tiến hoá trung tính là lý thuyết sinh học cho rằng ở cấp độ phân tử, thì quá trình tiến hoá diễn ra bằng cách củng cố ngẫu nhiên các đột biến trung tính, mà không chịu tác động của chọn lọc tự nhiên. Những đột biến trung tính gồm các alen không có lợi mà cũng chẳng có hại cho sinh vật, nên không thể bị đào thải và được giữ lại một cách ngẫu nhiên. Lý thuyết này còn cho rằng: sự di truyền của các alen trung tính có thể mô tả bằng các mô hình toán học qua sự trôi dạt di truyền ngẫu nhiên.[1], [2], [3]Thuật ngữ này có nguồn gốc từ tiếng Anh The neutral theory of molecular evolution (học thuyết trung tính của tiến hoá phân tử) cũng như tiếng Pháp La théorie neutraliste de l’évolution (học thuyết tiến hoá trung tính), v.v đã được dùng phổ biến và chính thức trên toàn quốc.[4], [3], [5] Trong ngữ cảnh nhất định, thuật ngữ "học thuyết trung tính của tiến hoá phân tử" (the neutral theory of molecular evolution) được gọi tắt là "thuyết trung tính" (the neutral theory).[2][6]