Quần đảo Raja Ampat, nằm ngoài khơi mũi tây bắc của bán đảo Đầu Chim thuộc đảo New Guinea, là một nhóm đảo gồm hơn 1.500 hòn đảo nhỏ, cồn cát, bãi cạn bao quanh 4 hòn đảo chính là Misool, Salawati, Batanta, Waigeo và hòn đảo nhỏ hơn, Kofiau. Hầu hết các đảo nằm ở khu vực Nam bán cầu, một số hòn đảo nhỏ là cực bắc của châu Úc. Diện tích đất liền và biển chiếm hơn 40.000 km². Huyện Raja Ampat bao gồm 4 đảo chính của quần đảo này và một số đảo nằm ở phía tây bắc của tỉnh Tây Papua, vốn được tách ra khỏi huyện Sorong vào năm 2004. Vào năm 2013, Raja Ampat được đề xuất chia thành 3 huyện nhỏ hơn, bao gồm Bắc Raja Ampat (Waigeo và các đảo nhỏ xung quanh), Nam Raja Ampat (Misool và Kofiau, cùng các đảo nhỏ xung quanh), và quận Selat Sagawin (phía bắc đảo Salawati và toàn bộ đảo Batanta, riêng phía nam Salawati vẫn nằm trong huyện Sorong).