Phó Tổng thống Afghanistan là chức vụ chính trị cấp cao thứ hai trong chính phủ Afghanistan. Phó Tổng thống được bầu trên cùng danh sách ứng cử như Tổng thống. Một ứng cử viên Tổng thống đề cử hai ứng cử viên cho chức danh Phó Tổng thống ngay trước cuộc bầu cử. Trong thời kỳ Chính phủ Lâm thời Afghanistan và Chính quyền Chuyển tiếp ở Afghanistan, khi Loya Jirga đã không chi định một Hiến pháp mới được nêu ra thì đã có tới hai Phó Tổng thống. Phó Tổng thống hiện nay là Mohammed Fahim và Karim Khalili (Phó Tổng thống thứ hai).