Phân biệt chống lại người gốc Hoa ở Indonesia đã được ghi nhận sớm nhất là năm 1740, khi chính quyền thuộc địa Hà Lan đã giết 10.000 Hoa kiều trong cuộc Thảm sát Batavia 1740. Sau đó đã có những ghi nhận về sự phân biệt đối xử và bạo lực của cả chính phủ Indonesia và chính phủ thực dân. Những cuộc bạo động tồi tệ nhất xảy ra vào năm 1998 khi hàng trăm Hoa kiều bị giết và hàng tá người khác bị cưỡng hiếp trong cuộc nổi loạn tháng 5 năm 1998 ở Indonesia.Việc phân biệt đối xử có thể dưới các dạng bạo hành, xỉ nhục, thậm bằng các điều luật. Vì vậy, những người Indonesia gốc Hoa đã bị khủng hoảng tâm lý, không được thừa nhận bởi cả người Indonesia bản xứ lẫn người Trung Quốc đại lục.