Lynch trở thành thực tập viên tại Fidelity Investments vào năm 1966 một phần vì là người nhặt bóng cho chủ tịch của Fidelity. Ban đầu ông được giao nghiên cứu ngành giấy, hóa chất và in ấn. Sau khi đi nghĩa vụ hai năm trở về, ông được tuyển chính thức vào năm 1969. Lúc này, ông được giao quản lý các ngành dệt may, luyện kim, khai mỏ và xuất bản. Cuối cùng, Lynch trở thành giám đốc bộ phận nghiên cứu từ 1974 đến 1977. Năm 1977, Lynch trở thành người quản lý quỹ đầu tư Magellan với 18 triệu đô-la Mỹ tài sản ròng. Tại thời điểm Lynch nghỉ hưu (năm 1990), tài sản của quỹ đã là 14 tỷ đô-la Mỹ gồm 1000 loại chứng khoán khác nhau. Từ 1977 đến 1990, quỹ Magellan lãi trung bình 29,2% một năm và có lãi tính trên 20 năm lớn nhất trong lịch sử quỹ đầu tư. Những thương vụ thành công của Lynch bao gồm: Fannie Mae, Ford, Philip Morris, MCI, Volvo, General Electric, General Public Utilities, Student Loan Marketing, Kemper, và Lowe's. Lynch được Jason Zweig miêu tả như một "huyền thoại" trong cuốn Nhà đầu tư thông minh, tái bản và cập nhật năm 2003.