Nhiễm sắc thể Y là một trong hai nhiễm sắc thể giới tính, và nó xác định giới tính đực. Nó có mặt trong hầu hết các loài động vật có vú, bao gồm cả con người, và nhiều loài khác. Ở nhiều loài động vật, nó có chứa gen SRY, và trong trường hợp thông thường không bị các hội chứng khác[lower-alpha 1], thì dẫn đến sự phát triển tinh hoàn, cùng với các biểu hiện giới tính đực khác.Nhiễm sắc thể Y của con người bao gồm khoảng 50 triệu cặp base.[5] Nó có vai trò đặc biệt trong nghiên cứu di truyền và tiến hóa của loài người.