Ngữ hệ Papua hay các ngôn ngữ Papua là tập hợp địa lý những ngôn ngữ của cư dân các hòn đảo phía tây Thái Bình Dương, New Guinea và lân cận. Những cư dân này gồm người Papua và Melanesia, nhưng trừ ra những người Nam Đảo hay thổ dân Úc.Thuật ngữ này không giả định trước một mối quan hệ di truyền. Khái niệm người Papua khác với người Melanesia được Sidney Herbert Ray đề nghị đầu tiên và đặt tên, vào năm 1892. Ngữ hệ Papua đa dạng nhưng ít được nghiên cứu.