Lịch sử của chế độ Giáo hoàng là một lịch sử lâu dài kéo dài trong suốt 2000 năm với rất nhiều sự kiện và biến động. Giáo hội Công giáo nhìn nhận Giáo hoàng như là người kế vị của thánh tông đồ Phêrô, người đã được Đức Giêsu đặt làm người "trông coi" và là "tảng đá" của Giáo Hội.Trong thời kỳ đầu của kỷ nguyên Kitô giáo, Rôma và một số thành phố khác đã có những kiến nghị về vị trí đứng đầu trong toàn thế giới Kitô giáo. Giáo Hội của Thánh Giacôbê, người vẫn được biết đến là "anh em của Chúa", và tòa Jesusalem được tôn vinh là "Giáo Hội Mẹ" ("Mother Church") trong truyền thống Đông phương. Alexandria đã được coi là trung tâm của người Do thái và nay là trung tâm học thức của đạo Kitô. Rôma đã là một giáo đoàn lớn ngay từ thời các thánh tông đồ và Tông Đồ Phaolô đã chịu tử vì đạo tại đây. Chúng ta có thể tìm hiểu qua các giai đoạn chính sau đây.