Liên đoàn bóng đá Kyrgyzstan (FFKR) (tiếng Kyrgyz: Кыргыз Республикасынын футбол федерациясы; tiếng Nga: Федерация футбола Кыргызской Республики) là tổ chức quản lý, điều hành các hoạt động bóng đá ở Kyrgyzstan. FFKR quản lý đội tuyển bóng đá quốc gia Kyrgyzstan, tổ chức các giải bóng đá như Giải vô địch bóng đá Kyrgyzstan, Cúp bóng đá Kyrgyzstan, FFKR là thành viên của cả Liên đoàn bóng đá thế giới (FIFA), Liên đoàn bóng đá châu Á (AFC) và Hiệp hội bóng đá Trung Á (CAFA).Chủ tịch tạm quyền của Liên đoàn bóng đá Kyrgyzstan hiện nay là Amangeldi Muraliev.