Jones và các đồng nghiệp[3] chia kỹ sư hệ sinh thái thành hai loại:

Kỹ sư ngoại sinh

Kỹ sư ngoại sinh biến đổi môi sinh bằng cách thay đổi về mặt cơ học các vật chất vô tri vô giác hoặc sinh vật sống từ dạng này sang dạng khác. Hải ly là hình mẫu nguyên gốc cho một kỹ sư hệ sinh thái; trong quá trình xây đập, hải lý làm thay đổi hệ sinh thái của chúng một cách rộng khắp. Thêm một cái đập sẽ thay đổi cả phân bố lẫn sự phong phú của nhiều sinh vật ở khu vực đó.

Kỹ sư nội sinh

Kỹ sư nội sinh biến đổi môi trường bằng cách biến đổi chính bản thân chúng. Cây cối là một ví dụ tốt, bởi vì khi chúng lớn lên, thân và cành cây của chúng tạo nên sinh cảnh cho các sinh vật sống khác, có thể bao gồm sóc, chim, côn trùng, v...v.. Ở vùng nhiệt đới, các cây dây leo kết nối cây lớn, cho phép nhiều loài động vật di chuyển giữa các tán rừng.[4]