Trong thời gian ở Strasbourg, Calvin phục vụ tại các nhà thờ Saint-Nicolas, Sainte-Madeleine, và Temple Neuf, những ngôi giáo đường ngày nay vẫn còn hiện hữu dù đã thay đổi hình thái kiến trúc.[22] Calvin thuyết giảng mỗi ngày, riêng Chúa nhật ông giảng luận đến hai lần. Ông cử hành lễ Tiệc Thánh mỗi tháng, và khuyến khích giáo đoàn hát Thi thiên.[23] Ông cũng viết phiên bản thứ hai cho quyển "Nguyên lý Cơ Đốc giáo". Dù tác phẩm này đã được bán sạch trong vòng một năm, Calvin vẫn chưa hoàn toàn hài lòng với nó.

Từ ấn bản thứ hai, xuất bản năm 1539, Calvin thay đổi cấu trúc tác phẩm để trình bày cách hệ thống những giáo lý chính của Kinh Thánh. Quyển sách được mở rộng từ sáu chương lên đến mười bảy chương.[24] Ông cũng viết quyển "Luận giải sách Roma", xuất bản vào tháng 3 năm 1540, là hình mẫu cho những sách luận giải Kinh Thánh của ông sau này.[25]

Mặc dù bạn hữu thúc ép ông lập gia đình, Calvin không mấy lãng mạn trong việc này, ông viết trong một bức thư: "Tôi không thiện cảm với nếp sống độc thân, nhưng tôi vẫn chưa kết hôn và không biết đến khi nào mới kết hôn. Nếu tôi cưới vợ, ấy là vì tôi sẽ khỏi phải bận tâm đến nhiều việc khác để tôi có thể tận tâm với Chúa."[26] Tháng 8 năm 1540, Calvin kết hôn với Idelette de Bure, một góa phụ đã có hai con trong cuộc hôn nhân trước.[27]

Geneva bắt đầu xem xét lại quyết định trục xuất Calvin. Số lượng tín hữu đến nhà thờ đang suy giảm, không khí chính trị cũng thay đổi, và xảy ra tranh chấp lãnh thổ giữa Bern với Geneva khiến liên minh giữa hai thành phố cũng trở nên mong manh. Khi Hồng y Jacopo Sdoleto viết thư gởi hội đồng thành phố Geneva kêu gọi họ quay lại với đức tin Công giáo, hội đồng nhận ra rằng họ cần có một nhân vật có thẩm quyền tôn giáo để đối thoại. Sau sự từ chối của Pierre Viret, hội đồng mời Calvin và ông đồng ý. Responsio ad Sadoletum (Thư gởi Sadoleto) của Calvin mạnh mẽ bảo vệ quan điểm của Geneva về cải cách giáo hội.[28] Ngày 21 tháng 9 năm 1540, hội đồng cử một trong các nghị viên, Ami Perrin, tìm cách triệu hồi Calvin. Một đặc sứ được gởi đến gặp Calvin khi ông đang tham dự một cuộc tranh luận tôn giáo tại Worms. Phản ứng của Calvin là kinh hãi, như ông viết, "Tôi thà chịu chết một trăm lần hơn là mang vác cây thập tự ấy để bị hủy hoại một ngàn lần mỗi ngày".[29]

Tuy nhiên, Calvin cũng viết rằng ông sẵn lòng bước đi theo tiếng gọi của Chúa. Một kế hoạch được lập ra, theo đó Viret sẽ tạm thời lãnh đạo Geneva trong khi Bucer và Calvin sẽ đến thăm thành phố để quyết định bước kế tiếp. Song, hội đồng thành phố muốn Calvin được bổ nhiệm ngay lập tức. Mùa hè năm 1541, Strasbourg quyết định cho Geneva mượn Calvin trong sáu tháng. Ngày 13 tháng 9 năm 1541, Calvin và gia đình chính thức trở lại Geneva.[30]