Hồ Vänern có nhiềi loài cá khác nhau. Các viên chức chính phủ và địa phương cố gắng để thực thi dự án bảo quản cá, do nhiều mối đe dọa khác nhau đến môi trường sống của cá. Những mối đe dọa này bao gồm nước canh tác đổ vào hồ qua các nhánh sông, sự ô nhiễm và hội chứng M74[7]. Việc câu cá hể thao ở hồ Vänern vẫn còn miễn phí và không được điều hòa, cả từ bờ hồ và từ tàu thuyền (với một số hạn chế, ví dụ như tối đa là ba con cá hồi hoặc cá hồi sông (trout) mỗi người mỗi ngày). Chỉ có việc đánh bắt cá thương mại thì phải có được sự cho phép.

Ở vùng nước ngoài khơi của hồ Vänern có nhiều cá ốt-me, nhiều nhất ở phía đông Dalbosjön, nơi trung bình có khoảng 2.600 cá ốt-me mỗi hecta. Ở đây cũng có nhiều cá hồi bạc (Coregonus albula), trung bình từ 200–300 cá mỗi hecta. Số lượng cá có thể khác nhau rất nhiều giữa các năm, tùy thuộc vào nhiệt độ và mực nước và chất lượng nước.

Cá ở hồ Vänern quan trọng cho ngành công nghiệp đánh bắt cá ở những thị trấn xung quanh. Năm 2001, lượng đánh bắt là 165 tấn (165.000 kg) cá hồi bạc, 100 tấn cá hồi trắng, và 25 tấn cá chình.

Cá hồi

Hồ Vänern có 2 phân nhóm cá hồi hồ, gọi là cá hồi Vänern. Chúng có nguồn gốc ở hồ Vänern và sinh sản trong các hồ liền kề. Phân nhóm đầu tiên được đặt tên theo sông nhánh phía đông Gullspångsälven là cá hồi Gullspång. Phân nhóm thứ hai là cá hồi Klarälv, chủ yếu sinh sản ở Klarälven. Các phân nhóm này có liên quan đến cá hồi biển Baltic, và chúng đã phát triển ở hồ Vänern trong hơn 9.000 năm. Đáng chú ý là chúng chưa bao giờ di chuyển vào đại dương.

Những cá hồi hồ lớn cân nặng tới 18 kg. Cá hồi hồ lớn nhất thế giới, nặng hơn 20 kg, được bắt ở hồ Vänern. Ngoài ra còn có 3 loài cá khác giống như cá hồi khác trong các sông kết nối.

Các cá khác

Về cơ bản tất cả các cá nước ngọt thông thường đều tìm thấy ở hồ Vänern. Các cá lớn quan trọng nhất là trout và Zander. Cá nhỏ quan trọng nhất là cá gai.

Hồ Vänern có 5 loài cá Coregonus |cá thịt trắng]]: khác biệt:

• Coregonus pallasii (cũng có ở sông Neva, vịnh Phần Lan, biển Baltic)
• Lacustrine fluvial whitefish (Coreganus megalops)
• Coreganus maxillaris[8]
• Coregoni nilssoni
• Valaam whitefish (Coreganus widegreni)
• Coregonus maxillaris