Hệ vi động vật (microfauna, từ Hy Lạp cổ đại Mikros "nhỏ" + Tân Latin fauna "hệ động vật") đề cập đến các sinh vật cực nhỏ thể hiện các đặc tính giống như một động vật.[1] Vi động vật có mặt trong giới động vật (ví dụ, giun tròn, động vật chân đốt nhỏ) và giới sinh vật nguyên sinh (như động vật nguyên sinh). Điều này trái ngược với hệ vi thực vật, cùng với vi động vật, tạo nên microzoa.