Gen hoán vị là các gen tương ứng nhau (gen a-len) cùng ở trên cặp nhiễm sắc thể tương đồng đổi chỗ cho nhau trong quá trình trao đổi chéo.[1], [2], [3]- Các nhiễm sắc thể ở tế bào nhân thực thường tồn tại thành từng cặp giống nhau về hình dạng, kích thước và cả trình tự lô-cut gen, tạo thành các cặp nhiễm sắc thể tương đồng (homologous chromosomes). Ở mỗi cặp tương đồng này, thì một chiếc nhận từ bố, còn chiếc kia  do mẹ truyền (hình 1.1).
- Trong quá trình giảm phân, các nhiễm sắc thể tương đồng bắt cặp với nhau từng đôi một, tiếp hợp nhau rồi bắt chéo ở những điểm nhất định (hình 1.2).
- Sau đó, có thể xảy ra sự trao đổi chéo: đoạn của “bố” chuyển vị sang đoạn tương ứng của “mẹ” và ngược lại (hình 1.3). Do đó B đổi chỗ cho b, còn V đổi chỗ cho v. Trao đổi chéo như thế gây ra hiện tượng gen hoán vị, nhưng lô-cut mỗi a-len coi như không thay đổi.[4]