Football Alliance 1890–1891 là mùa giải thứ hai của Football Alliance, một giải đấu bóng đá được tổ chức tại Anh được coi là đối thủ của The Football League, giải đấu bắt đầu khởi tranh từ mùa 1888–89.Stoke gia nhập Alliance mùa giải này sau khi bị rớt khỏi Football League cuối mùa giải trước đó và lên ngôi vô địch ở vòng đấu áp chót vào ngày 4 tháng Tư. Đội vô địch mùa giải trước đó The Wednesday kết thúc ở vị trí cuối bảng sau khi để thua mười ba trận trong một mùa giải tồi tệ. Thậm chí chiến thắng 4–2 (3–0 hết hiệp một) trên sân nhà trước đội á quân Sunderland Albion ở vòng đấu cuối cũng không thể giúp Wednesday bước chân ra khỏi vị trí cuối bảng.[1]Kết thúc mùa giải đó Stoke được lựa chọn trở lại Football League cùng với đội xếp thứ 6 Darwen, trong khi đó Sunderland Albion rời bỏ để gia nhập Northern League.[1]