Trong FIFA Online 3, người chơi có thể chọn chơi và tùy chỉnh một đội trong số 30 giải đấu và 15.000 cầu thủ ngoài đời thật. Người chơi có thể chơi đơn qua một mùa giải, hoặc chơi với người chơi trực tuyến khác. Thi đấu các trận đấu kiếm về EP, loại tiền tệ trong game dùng để mua cầu thủ và các mặt hàng.

Gameplay của FIFA Online 3 ban đầu tương tự FIFA 11, tuy nhiên đã chuyển sang Impact Engine của FIFA 14 kể từ năm 2015. Người chơi có thể chơi các trận đấu tùy chỉnh lên đến 3 người chơi một đội. Ngoài ra còn có một thị trường chuyển nhượng trực tuyến để mua hoặc bán cầu thủ, một hệ thống câu lạc bộ và cửa hàng cao cấp (tiền mặt).

FIFA Online 3 gồm nhiều chế độ chơi tương tự với FIFA Online 2 . Chế độ giải đấu đã không có thay đổi đáng kể, trong khi chế độ trực tuyến đã được chỉnh sửa. Người chơi có thể thi đấu giao hữu với người chơi có trình độ tương tự (1vs1 nhanh) hoặc người chơi ngẫu nhiên, và cũng có thể chơi với bạn bè của họ (VS Custom). Người chơi cũng có tùy chọn để chơi như một huấn luyện viên bằng cách kiểm soát các chiến thuật và đội hình (VS Manager) của đội.

World Tour của FIFA Online 2 đã được nâng cấp lên một Chế độ xếp hạng, nơi mà mỗi người chơi bắt đầu với 1500 điểm và có thể chơi với người chơi có một số lượng điểm tương tự của. Chiến thắng một trận đấu được 10 điểm, và sẽ được cộng hoặc bị trừ điểm nếu thắng hoặc thua liên tiếp và cách biệt về số bàn thắng / bàn thua trong mỗi trận đấu. Phần thưởng được đưa ra vào cuối mỗi mùa giải cho tất cả người chơi dựa trên thứ hạng của họ.

FIFA Online 3 có thể chơi được bằng bàn phím hoặc gamepad.