Emajõgi (phát âm tiếng Estonia: [ˈemɑjɤgi]; là một con sông tại Estonia chảy từ hồ Võrtsjärv qua hạt Tartu vào hồ Peipus, chảy ngang thành phố Tartu khoảng 10 km. Nó có chiều dài khoảng 100 km. Cái tên Emajõgi có nghĩa là "sông mẹ" trong tiếng Estonia.Emajõgi đôi khi được gọi là Suur Emajõgi ("Đại Emajõgi") để phân biệt với Väike Emajõgi ("Tiểu Emajõgi"), một con sông khác, chảy vào nam hồ Võrtsjärv.Emajõgi là con sông lớn thứ hai Estonia về lưu lượng và là con sông duy nhất có thủy trình suốt toàn chiều dài.