Cấu trúc bậc ba của protein là hình dạng ba chiều của một protein. Cấu trúc bậc ba sẽ có một chuỗi 'xương sống' polypeptide duy nhất với một hoặc nhiều cấu trúc bậc hai của protein, và các miền protein. Các chuỗi bên axit amin có thể tương tác và liên kết với nhau theo nhiều cách. Các tương tác và liên kết của các chuỗi bên trong một protein cụ thể xác định cấu trúc bậc ba của nó. Cấu trúc bậc ba của protein được xác định bởi các cách phối trí các nguyên tử của nó. Các phối trí này có thể tham chiếu đến một miền protein hoặc toàn bộ cấu trúc bậc ba của protein.[1][2] Một số cấu trúc bậc ba có thể tạo tiếp thành một cấu trúc bậc bốn.[3]