Trong khi cải cách đã loại bỏ một số đặc thù của thời kỳ Stalin, thì tác động tổng thể của chương trình đã tạo thêm các vấn đề cho công nhân Xô viết. Trong nhiều lĩnh vực, sự thay đổi lớn về tiền lương tiếp tục tồn tại. Trong kỹ thuật, ví dụ, các nhà quản lý nhà máy thường bỏ qua chỉ thị tiền lương để khuyến khích người lao động vào vai trò đã mất nhiều sức hấp dẫn của họ sau khi lương cơ bản đã được cắt giảm để phù hợp với trả tiền trong suốt một khu vực. Do đó, các nhà quản lý sẽ cung cấp mức lương cao hơn cho các học viên mới. Điều này có tác dụng khuyến khích một số người có một vị trí đào tạo được trả lương cao và sau đó để lại cho một vị trí đào tạo mới khi trình độ chuyên môn. Trong khai thác than, các nhà quản lý từ lâu đã có khả năng thay đổi tiền lương dựa trên các cân nhắc địa phương, chẳng hạn như các yếu tố địa chất hoặc mức độ nguy hiểm, và sau cải cách họ tiếp tục thay đổi tiền lương thông qua thao tác hạn ngạch hoặc lãi suất để bảo vệ tiền lương của người lao động. Một vấn đề nữa với hệ thống thưởng trực tiếp tập trung là khuyến khích các nhà máy tiếp tục sản xuất các sản phẩm được thành lập, quen thuộc hơn bởi vì nó dễ dàng hơn để lấp đầy các mục tiêu trên các sản phẩm quen thuộc hơn là bắt đầu làm việc với các mặt hàng mới.

Đôi khi ở những nơi áp dụng mức lương mới, các nhà máy sẽ đấu tranh để tuyển dụng lao động cho các nhiệm vụ quan trọng bởi vì cải cách đã đưa ra một mức lương thấp cho một nhiệm vụ được coi là yêu cầu trình độ kỹ năng thấp hơn. Ví dụ, hoạt động máy công cụ được cấp một mức lương thấp, và tại một nhà máy ở Kotlyakov khoảng 30 máy công cụ không được sử dụng vì các nhà quản lý nhà máy không thể tuyển dụng nhân viên để vận hành chúng.

Trong các trường hợp khác, các nhà quản lý cố ý sử dụng các cải cách như một cơ hội để cắt giảm tiền lương, phóng đại các khoản cắt lương của các bộ để họ có thể cắt giảm chi phí tổng thể. Trong một trường hợp, một người quản lý một nhà máy bê tông đã bị kết án tám tháng lao động sau khi bị kết tội sử dụng cải cách như một lý do để trích xuất thêm thời gian làm thêm từ công nhân.