Cúp bóng đá Estonia 2015–16 là mùa giải thứ 26 của giải đấu bóng đá loại trực tiếp danh giá nhất Estonia. Đương kim vô địch, Nõmme Kalju, bị loại ở tứ kết trước Sillamäe Kalev. Flora giành chức vô địch thứ 7 sau khi đánh bại JK Sillamäe Kalev 3–0 trong trận chung kết.Đội vô địch giành quyền tham gia vòng loại thứ nhất của UEFA Europa League 2016–17, nhưng vì Flora đã tham gia Champions League với tư cách đội vô địch Meistriliiga 2015 nên suất tham gia được dành cho Infonet.