Chọn lọc cân bằng là khái niệm chỉ quá trình chọn lọc trong đó nhiều alen khác nhau cùng lô-cut gen không bị loại bỏ mà cùng được củng cố, duy trì ở trạng thái cân bằng tương đối trong vốn gen của quần thể.[1], [2]Thuật ngữ này dịch nguyên gốc từ tiếng Anh: balancing selection (phát âm Quốc tế: /ˈbælənsɪŋ sɪˈlɛkʃən/) dùng để chỉ bất kỳ quá trình chọn lọc nào duy trì được sự đa hình di truyền (genetic polymorphism) trong quần thể.