Charon lúc đầu mang mã hiệu tạm thời là S/1978 P 1 theo cách đặt tên thời đó. Vào ngày 24/6/1978, Christy đề nghị được đặt tên vệ tinh mới là Charon, một cái tên nhằm gợi nhớ đến tên của vợ ông là Charlene. Mặc dù các đồng sự đề xuất tên Persephone (cũng có một tiểu hành tinh tên là 399 Persephone), nhưng do tình cờ phát hiện ra Charon cũng đồng thời là tên một nhân vật trong thần thoại Hy Lạp, Christy vẫn giữ nguyên ý kiến của mình. Sau đó vào năm 1985, cái tên trên được chính thức công nhận, và được công bố vào 3/1/1986.

Theo thần thoại Hy Lạp, Charon là người chở đò đưa con người tới địa phủ, một nhân vật có liên hệ chặt chẽ với thần Âm phủ Hades. Pluto trong thần thoại La mã chính là Hades. Mặc dù trong tiếng Anh, ch trong tên người chở đò Charon được đọc là k, Christy đọc từ này là [ʃ], giống như tên vợ ông. Cách phát âm này là khá phổ biến trong cộng đồng các nhà thiên văn học nói tiếng Anh. Mặc dù vậy, các nhà thiên văn học nói các thứ tiếng khác, cũng như một số nhà thiên văn học nói tiếng Anh đọc tên Charon giống như cách đọc tên nhân vật thần thoại.