Phường (7):Chiềng An · Chiềng Cơi · Chiềng Lề · Chiềng Sinh · Quyết Tâm · Quyết Thắng · Tô Hiệu
Xã (5):Chiềng Cọ · Chiềng Đen · Chiềng Ngần · Chiềng Xôm · Hua LaThị trấn (1):Bắc Yên (huyện lỵ)
Xã (15):Chiềng Sại · Chim Vàn · Hang Chú · Háng Đồng · Hồng Ngài · Hua Nhàn · Làng Chếu · Mường Khoa · Pắc Ngà · Phiêng Ban · Phiêng Côn · Song Pe · Tạ Khoa · Tà Xùa · Xím VàngThị trấn (1):Hát Lót (huyện lỵ)
Xã (21):Chiềng Ban · Chiềng Chăn · Chiềng Chung · Chiềng Dong · Chiềng Kheo · Chiềng Lương · Chiềng Mai · Chiềng Mung · Chiềng Nơi · Chiềng Sung · Chiềng Ve · Cò Nòi · Hát Lót · Mường Bằng · Mường Bon · Mường Chanh · Nà Bó · Nà Ớt · Phiêng Cằm · Phiêng Pằn · Tà HộcThị trấn (2):Mộc Châu (huyện lỵ) · Nông trường Mộc Châu
Xã (13):Chiềng Hắc · Chiềng Khừa · Chiềng Sơn · Đông Sang · Hua Păng · Lóng Sập · Mường Sang · Nà Mường · Phiêng Luông · Quy Hướng · Tà Lại · Tân Hợp · Tân LậpThị trấn (1):Ít Ong (huyện lỵ)
Xã (15):Chiềng Ân · Chiềng Công · Chiềng Hoa · Chiềng Lao · Chiềng Muôn · Chiềng San · Hua Trai · Mường Bú · Mường Chùm · Mường Trai · Nậm Giôn · Nậm Păm · Ngọc Chiến · Pi Toong · Tạ BúThị trấn (1):Phù Yên (huyện lỵ)
Xã (26):Bắc Phong · Đá Đỏ · Gia Phù · Huy Bắc · Huy Hạ · Huy Tân · Huy Thượng · Huy Tường · Kim Bon · Mường Bang · Mường Cơi · Mường Do · Mường Lang · Mường Thải · Nam Phong · Quang Huy · Sập Xa · Suối Bau · Suối Tọ · Tân Lang · Tân Phong · Tường Hạ · Tường Phong · Tường Phù · Tường Thượng · Tường TiếnXã (11):Mường Giàng (huyện lỵ) · Cà Nàng · Chiềng Bằng · Chiềng Khay · Chiềng Khoang · Chiềng Ơn · Mường Chiên · Mường Giôn · Mường Sại · Nặm Ét · Pá Ma Pha KhinhThị trấn (1):Sông Mã (huyện lỵ)
Xã (18):Bó Sinh · Chiềng Cang · Chiềng En · Chiềng Khoong · Chiềng Khương · Chiềng Phung · Chiềng Sơ · Đứa Mòn · Huổi Một · Mường Cai · Mường Hung · Mường Lầm · Mường Sai · Nà Nghịu · Nậm Mằn · Nậm Ty · Pú Bẩu · Yên HưngXã (8):Sốp Cộp (huyện lỵ) · Dồm Cang · Mường Lạn · Mường Lèo · Mường Và · Nậm Lạnh · Púng Bánh · Sam KhaThị trấn (1):Thuận Châu (huyện lỵ)
Xã (28):Bản Lầm · Bó Mười · Bon Phặng · Chiềng Bôm · Chiềng La · Chiềng Ly · Chiềng Ngàm · Chiềng Pấc · Chiềng Pha · Co Mạ · Co Tòng · É Tòng · Liệp Tè · Long Hẹ · Muổi Nọi · Mường Bám · Mường É · Mường Khiêng · Nậm Lầu · Nong Lay · Pá Lông · Phổng Lái · Phổng Lăng · Phổng Lập · Púng Tra · Thôm Mòn · Tông Cọ · Tông LạnhXã (14):Vân Hồ (huyện lỵ) · Chiềng Khoa · Chiềng Xuân · Chiềng Yên · Liên Hòa · Lóng Luông · Mường Men · Mường Tè · Quang Minh · Song Khủa · Suối Bàng · Tân Xuân · Tô Múa · Xuân NhaThị trấn (1):Yên Châu (huyện lỵ)
Xã (14):Chiềng Đông · Chiềng Hặc · Chiềng Khoi · Chiềng On · Chiềng Pằn · Chiềng Sàng · Chiềng Tương · Lóng Phiêng · Mường Lựm · Phiêng Khoài · Sặp Vạt · Tú Nang · Viêng Lán · Yên Sơn