Bùi Văn Khuê (chữ Hán: 裴文奎, 1546 - 1600) là tướng nhà Mạc và nhà Lê trung hưng trong lịch sử Việt Nam. Ông tham gia cuộc chiến tranh Lê-Mạc và phục vụ cho cả hai bên trong cuộc chiến này.Theo gia phả của dòng họ Bùi Thủ Chân, Bùi Văn Khuê là hậu duệ trực hệ của vua Lê Lợi, chi họ Cung Vương Lê Khắc Xương. Thời kỳ Đại Chính, chi họ này có cụ Bùi Hoằng đỗ Tiến sỹ làm quan văn trong triều đình nhà Mạc. Thời kỳ cuối của nhà Mạc ở Thăng Long, có thể nhờ tướng Nguyễn Quyện tiến cử mà Bùi Văn Khuê được vua Mạc Mậu Hợp giao làm võ quan nắm thủy quân, lực lượng chủ lực rất mạnh của nhà Mạc. Sau này tướng Bùi Văn Khuê đã công khai chống lại nhà Mạc. Còn gia đình danh tướng Nguyễn Quyện, dù bị thất trận một cách khó hiểu, thì vẫn tận trung với nhà Mạc đến giây phút cuối cùng.Mặc dù là hậu duệ của vua Lê Lợi nhưng Bùi Văn Khuê không được chính quyền nam triều tôn lên làm vua, dù chính quyền này lấy danh nghĩa là phù Lê.