Ngày 22/2/2009, Ayaka kết hôn với diễn viên Hiro Mizushima. Ngày 2/4, trong cuộc họp báo thông báo chuyện kết hôn, Ayaka cho biết mình mắc phải chứng Bướu cường giáp và căn bệnh ngày càng nặng thêm. Cô quyết định sẽ tiếp tục công việc ca hát tới hết năm 2009, sau đó sẽ tạm dừng hoạt động nghệ thuật để tập trung cho việc trị bệnh.

Ngày 22/2, Ayaka ra mắt đĩa đôi Yume wo Mikata ni / Koikogarete Mita Yume. Bài hát Koikogarete Mita Yume được chọn làm nhạc kết cho anime "Cross game". Đây là lần thứ 2 cô hát nhạc anime.

Đĩa đơn cuối cùng trước khi ngừng hát của cô: Minna Sora no Shita được ra mắt ngày 8/7.

Ngày 23/9, Album tổng hợp đầu tiên của Ayaka được phát hành: Ayaka's History 2006–2009, với hai đĩa: đĩa thứ nhất gồm toàn bộ các bài hát chính trong các đĩa đơn của cô, còn đĩa thứ hai là tuyển tập những bài được chọn bởi người hâm mộ. Ngay tuần đầu phát hành, khoảng 350.000 bản được bán ra, khiến Ayaka trở thành nữ ca sĩ có Album bán chạy nhất trong tuần đầu tiên của năm 2009. Album vẫn tiếp tục giữ vị trí thứ nhất trong tuần tiếp theo, ở trong top 10 nhiều tuần sau đó, cho thấy sức hút của Album tổng hợp này. Như vậy, chỉ sau một tháng rưỡi phát hành, Album đã phá mức 1.000.000 bản, và đây cũng là album duy nhất của một nghệ sĩ solo vượt qua con số 1 triệu bản trong năm 2009.

Trong năm 2009, Mikazuki - đĩa đơn thứ 4 - đã được chọn làm nhạc cho một bộ phim của TBS.