Khởi điểm từ khi thành lập làng Mộc Diệp Ẩn (Konohagakure no sato) với một mô hình làng kiểu tiến tiến, đã kéo theo việc thành lập nhiều làng Ninja thuộc các quốc gia lớn nhỏ. Việc thành lập các Ẩn lý này đã đặt dấu mốc kết thúc cho thời kì Chiến Quốc - một thời kì chiến tranh khốc liệt, khi mà các ninja chủ yếu chiến đấu theo các gia tộc, và tiến vào thời kì phát triển. Tuy nhiên, chiến tranh vẫn xảy ra xen kẽ các khoảng thời gian hòa bình ngắn ngủi mà tiêu biểu là các cuộc đại chiến ninja. Đã có 4 cuộc đại chiến từ khi thành lập làng Lá đến khi kết thúc bộ Manga Naruto. Đây là các cuộc đại chiến rất ác liệt, diễn ra rộng khắp với lực lượng tham gia chủ yếu là các ninja từ Ngũ Đại Quốc. Các cuộc đại chiến và các giai đoạn tái thiết phía sau cuộc mang lại sự hưng thịnh cho các làng ninja lớn và làm suy yếu các làng ninja nhỏ. Do đó, có nhiều lúc trong quá khứ, các nhà lãnh đạo Ninja tìm đến chiến tranh như một công cụ giải quyết các mâu thuẫn trong nội bộ làng.