Werner Schlager (sinh ngày 28 tháng 9 năm 1972) là một vận động viên bóng bàn người Áo. Anh đã giành chức vô địch thế giới năm 2003. Schlager chơi bóng bàn từ năm 6 tuổi. Từ sau khi Richard Miner giành được chức vô địch thế giới năm 1937, anh là người Áo đầu tiên giành được danh hiệu này. Theo World Ranking của ITTF ngày 1 tháng 3 năm 2007, anh xếp hạng 11.