Viện Kỹ thuật Công trình đặc biệt là một đơn vị đào tạo và nghiên cứu khoa học trực thuộc Học viện Kỹ thuật Quân sự, được thành lập trên cơ sở tổ chức lại Khoa công trình quân sự và Trung tâm Kỹ thuật các công trình đặc biệt. Khoa Công trình quân sự được thành lập ngày 21/10/1966. Ngày 14/5/1968 Khoa tổ chức khai giảng lớp bổ túc kỹ sư đầu tiên và sau này ngày đó được chọn là ngày truyền thống của Khoa, nay là ngày truyền thống của Viện Kỹ thuật công trình đặc biệt.