Vòng loại cúp bóng đá châu Phi 2004 diễn ra từ 6 tháng 9 năm 2002 đến 6 tháng 7 năm 2003. Khác với những giải trước, giải này không có vòng sơ loại. Do đó vòng loại chia ra nhiều bảng hơn gồm 49 đội chia làm 13 bảng để chọn lấy 13 đội đầu bảng và đội thứ nhì có thành tích tốt nhất vào vòng chung kết cùng đương kim vô địch Cameroon và chủ nhà Tunisia.